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En la primera liguilla en el grupo C el Valencia quedó emparejado junto a Olympique de Lyon, Olympiacos y Heerenveen. Venció 2-0 al Olympiacos en Mestalla, 0-1 al Heerenveen en Holanda, 1-0 al Olympique en Mestalla. Pese a la derrota 1-0 en Atenas, el punto conseguido en Mestalla ante el Heerenveen le aseguró el primer puesto. En el brevísimo periodo logró anotar un tanto, el 24 de octubre, en la derrota 1-2 en «el Clásico» ante el Real Madrid Club de Fútbol. Las semifinales se jugaron ante el FC Barcelona, que llegó a Mestalla atemorizado pues el conjunto valenciano, y en especial el delantero argentino Claudio López, se había convertido en su bestia negra. Ante el Rangers en Ibrox Park los jugadores valencianistas ganaron 1-2 con goles de Mendieta y Claudio López, y frente al PSV en Mestalla ganaron 1-0 con nuevo gol del ariete argentino. El primer partido ante el Glasgow Rangers se ganó 2-0 con un gol en propia meta del defensor Moore y otro de Kily González, el siguiente partido fue en el Philips Stadion ante el PSV se empató 1-1, con un impresionante gol de Claudio López, mismo resultado obtenido en el Olympiastadion de Múnich ante el poderoso Bayern.
La temporada arrancó de forma muy irregular, con una victoria en Mestalla 1-0 contra el Real Madrid gracias al gol de Miguel Ángel Angulo en el debut de Zinedine Zidane en la Liga española, con muchos empates (8 en las primeras 13 jornadas), con la eliminación de la Copa en octubre ante el Novelda CF de 2ªB por alineación indebida de cuatro futbolistas extra-comunitarios en los últimos minutos, y sin conocer la derrota en Liga hasta la jornada 14. La irregularidad fue tal que el equipo llegó a deambular por el 7.º, 8.º y 10.º puesto de la clasificación, motivo que hizo que el pesimismo de la afición aflorara. El tercer partido, ante la Fiorentina en el Artemio Franchi, supuso otra derrota merced de un penalti inexistente sobre el ex-valencianista Mijatović y que él mismo se encargó de transformar en el 1-0 definitivo. En la vuelta ante la Fiorentina, Mestalla fue un infierno para el ex-valencianista, y el equipo se llevó la victoria por 2-0 (Ilie y Mendieta), tras la anulación de un gol válido de Rui Costa que hubiera podido calficar el conjunto violeta.
Contra todo pronóstico el Valencia consiguió una agónica victoria gracias a un gran gol de cabeza del noruego John Carew que batió a David Seaman y clasificó al Valencia. Tres días después le dio la victoria a su club marcando dos goles en el 3-2 contra el Pescara. Fue uno de los días más tristes del valencianismo. Almería presentó el proyecto de remodelación del estadio indálico en el Ayuntamiento de Almería, en donde también presentó toda la documentación necesaria para conseguir la concesión administrativa de este recinto futbolístico por 25 años de duración, siendo el proyecto admitido a trámite pocos días después tras dar el Ayuntamiento de la capital almeriense el visto bueno y la correspondiente licencia administrativa para que se pudieran acometer las obras, la cuales fueron adjudicadas a las empresas almerienses AJCC Construcciones y Crealia. Diversos requerimientos económicos y judiciales fueron la gota que colmaron el vaso, entre ellos el protagonizado por José Granell, presidente del grupo Aedifica que formó parte, junto al grupo Bankia Hábitat, del proyecto Newcoval, un plan firmado por el expresidente Manuel Llorente con Bankia en diciembre de 2011 para finalizar las obras del futuro estadio a cambio de trasladar la ciudad deportiva a unos terrenos propiedad de Bankia en Náquera (incumpliendo así lo firmado años antes con el ayuntamiento de la población de Ribarroja del Turia) y de la cesión y explotación por parte de Newcoval de casi todo el patrimonio del club, el cual seguiría endeudado pero sin apenas patrimonio ni ingresos ni posibilidad de invertir en formar un gran equipo.
El Valencia perdía al descanso 2-0 en el Estadio Olímpico de Montjuic contra el RCD Español y el futuro del entrenador era muy negro, pero en el segundo tiempo dos goles de Rufete y uno de Adrian Ilie remontaron el marcador hasta vencer por 2-3. Desde esta jornada el equipo solo perdería 3 encuentros hasta el final de temporada. Poco tiempo después, como puede apreciarse en algunas fotografías de la época, se vuelve a cambiar el escudo en 1922 por un rombo cuadrado coronado, con dos letras «B» en referencia a las iniciales entrelazadas en su interior y de misma tipografía usada en 1909. Pocos años después se volvió a representar con un círculo en detrimento del rombo cuadrado. El 28 de mayo de 2022 fue elegido mejor jugador de la final de la Champions League celebrada en París, entre Real Madrid y Liverpool, merced a su decisiva actuación para que el equipo blanco conquistara su decimocuarta Copa de Europa, también como «La Decimocourtois».